در جنوب شرقی مسجدالحرام و در فاصله نسبتاً دوری از شهر مکه، سه کوه متصل به یکدیگر وجود دارد که در سومین کوه غاری است به نام « ثور ». 
در شبي كه ليلة المبيت ناميده شد و مشرکان مکه قصد کشتن رسول خدا (صلی الله علیه و آله) را داشتند، پيامبر (صلی الله علیه و آله)، علی بن ابیطالب (علیه السلام) را به جای خود در بستر خوابانيد و خودشان به امر خداوند شبانه از خانه خارج شدند. در بین راه پيامبر (صلی الله علیه و آله)، ابوبکر را ديدند و او را به همراه خود از شهر خارج كردند. پیامبر برای مخفی نگاه‌ داشتن مسیر، به جای حرکت به سوی شمال مکه که به یثرب می‌رفت، راهی جنوب مکه شد و به غار ثور که در دل کوه ثور قرار داشت پناه بردند. آنان به مدت سه روز در آن غار مخفی بودند .
مشرکان در پی پیامبر تا نزدیکی غار ثور آمدند، اما به اعجاز الهی، عنکبوتان تارهایی را بر در غار طنیدند و مشرکان گمان کردند سال‌هاست کسی به داخل غار نرفته، و از رفتن به درون آن منصرف شدند .